L’orgue actuel est le 2ème que la paroisse ait connu. Le premier a été offert par l’abbé C. Neyrat, curé de St François de 1829 à 1841, en 1835. Il s’agissait d’un orgue de tribune construit par la maison Callinet. Il possédait une quarantaine de jeux sur 4 claviers. Il subit plusieurs fois des modifications. Cet orgue est à présent à l’église St Bruno de Voiron (38).
Le 20 mars 1879, un marché fut conclu entre le facteur Cavaillé-Coll et la Paroisse pour un instrument de quarante jeux sur trois claviers au prix initial de 65 000 francs, buffet non compris. Cavaillé-Coll reprenait l’ancien orgue pour 10 000 francs. Le 20 avril le dessin du buffet était retenu et F. Ch. Widor décidait d’offrir deux jeux supplémentaires. Finalement l’instrument installé aura 45 jeux.
Le 15 décembre 1880, l’orgue que nous connaissons était réceptionné par une commission d’experts en présence du facteur lui-même et, le lendemain, 16 décembre, eut lieu l’inauguration solennelle, sous la présidence du cardinal Caverot, archevêque de Lyon. Charles-Marie Widor, le fils de l’organiste de Saint François interpréta en première audition sa 5ème Symphonie. Ce fut un évènement majeur dans la paroisse. La critique était quasi unanime dans la louange, tant les sonorités de cet orgue ravissaient les auditeurs. Cavaillé-Coll écrira même par la suite – nous avons sa lettre – : « L’orgue de Saint François est l’instrument le plus beau et le plus parfait qui soit sorti jusqu’à ce jour de mes ateliers. »
Pourtant les rapports avec le facteur et la Paroisse s’assombrirent rapidement car, comme il l’avait déjà fait sur l’orgue Callinet, Cavaillé-Coll avait rajouté de lui-même trois jeux aux quarante prévus et apporté plusieurs améliorations à la mécanique. Il se crut donc autorisé à majorer le coût initial de plus de 20 000 frs. Le conseil de Fabrique resta, hélas pour lui, sourd à ses supplications réitérées, le coût total se montant à plus de 90.000 francs (La composition finale de l’instrument sera de 45 jeux). Cependant les ponts ne furent pas coupés: Cavaillé-Coll accordera l’orgue en 1884 pour noël.
En avril 1889, Geoges Abbey procédera au nettoyage du plein jeu: « Il a fallu extraire les 400 tuyaux qui composent le plein jeu,les brosser et les remettre en harmonie ». En octobre 1892, un nouveau nettoyage complet est effectué par deux ouvriers de Cavaillé-Coll, Christmann (mécanicien) et Stanislas Garnier (harmoniste). Un de ses successeurs interviendra en 1919 pour effectuer un relevage de l’instrument. En raison de signes de faiblesses, la paroisse consulte en 1930 pour une restauration de l’orgue. De nombreux facteurs proposèrent des devis. C’est la maison Michel Merklin & Kuhn qui effectua un relevage complet et le changement du ventilateur.
Par la suite, l’entretien de l’orgue sera confié à diverses maisons lyonnaises avant d’être repris aujourd’hui par une maison suisse, la Manufacture des grandes orgues Th. Kuhn, puis par le facteur Denis Lacorre (Nantes) ayant restauré (ou relevé) 22 instruments d’Aristide Cavaillé-Coll.
Cavaillé-Coll avait construit en son temps un instrument entièrement mécanique. Il fallait le concours d’un souffleur, voire de deux, pour insuffler l’air nécessaire au jeu. A partir de 1901, une soufflerie électrique relaya l’énergie humaine. Ce fut la seule concession au progrès. Tout le reste de l’orgue est resté tel qu’il était à l’origine. C’est sans doute un élément non négligeable de sa notoriété. Il a été classé Monument Historique le 11 mai 1977; des organistes du monde entier viennent le voir et le tester. On peut donc rendre hommage aux différents organistes titulaires qui se sont succédé depuis 1880 et qui ont veillé à lui garder son éclat et sa marque d’origine.
D’imposantes festivités ont marqué le centenaire de l’instrument, le 17 décembre 1980. Maître Louis Robilliard titulaire depuis 1974, écrivait pour la circonstance : « En 1980, notre orgue sonne comme au jour de son inauguration, avec la même poésie… Depuis cent ans, il est au service de la musique et de la liturgie, au coeur de ces diverses formes de prière que sont l’office et le concert, permettant le recueillement, la ferveur de l’assemblée, inspirant de nouvelles pièces d’orgue… Au terme du premier siècle d’une si belle carrière, il fallait fêter avec éclat ce monument historique, fierté de notre ville. »
Actuellement cet instrument exceptionnel, bien qu’il donne une impression de grande puissance et de magnifique harmonie, laisse prévoir la survenue de défaillance mécaniques et acoustiques justifiant la programmation d’une grande opération de relevage et de restauration des élements défaillants.